ЦСБС CO РАН ведет систематическую работу по расширению международного сотрудничества в сфере широкого круга фундаментальных и прикладных вопросов ботаники и экологии. В настоящее время действуют 8 соглашений и договоров, заключенных ЦСБС СО РАН с зарубежными, международными организациями и государственными органами 6 иностранных государств (Монголия, Казахстан, Приднестровская Молдавская Республика, Азербайджан, Республика Таджикистан, КНР) ЦСБС СО РАН является коллективным членом Международного совета ботанических садов по охране растений (Botanical Garden Conservation International, BGCI).
Сотрудники института активно развивают международное научное сотрудничество и являются членами международных организаций различного уровня:
Представители ЦСБС CO РАН входят в редколлегии международных журналов -
International Journal of Fruit Science,
Phytocoenologia. Кроме того, институт выпускает международный журнал "
Contemporary problems of ecology" индексируемый в базах WoS и Scopus.
ЦСБС СО РАН принимает иностранных специалистов для обсуждения совместных работ и стажировки. Сотрудников института регулярно приглашают в страны Западной Европы и Ближнего зарубежья для чтения лекций и докладов в рамках научных школ и конференций.