До 1964 г. Центральный сибирский ботанический сад располагался в Заельцовском районе Новосибирска, занимая территорию в 232 га, где были созданы дендрарий, георгинарий, экспозиции и коллекции травянистых растений. В целях дальнейшего развития ботанических исследований, направленных на изучение и обогащение растительных ресурсов Сибири, а также для улучшения состояния лесов и зеленых насаждений Новосибирского научного центра Президиум СО АН СССР в 1964 г. постановил перенести Ботанический сад в Академгородок, где под него была отведена территория площадью более 1 тыс. га. Построены главный лабораторный корпус, технический блок, оранжереи, теплицы, экспериментально-производственный корпус, клубнехранилище, объекты технической базы, складские помещения.
В 1971 г. было закончено строительство главного лабораторного корпуса, производственных, технических помещений, и весь коллектив Центрального сибирского ботанического сада перебазирован в Академгородок.