Лаборатория низших растений ЦСБС СО РАН является единственным в Сибири научным подразделением, сотрудники которого на протяжении почти 60 лет занимаются исследованием криптогамных организмов – водорослей, цианопрокариотов (цианофитов), грибов, лишайников и миксомицетов.
Изучено биоразнообразие агарикоидных, гастероидных и афиллофороидных базидиомицетов отдельных регионов Алтае-Саянской горной области, лесной (южная тайга), лесостепной и степной зон равнинной территории Сибири. К настоящему времени на территории Западной Сибири выявлено порядка 2000 видов базидиальных и сумчатых макромицетов.
Проведены лихенологические исследования в Алтае-Саянской горной области, на восточном склоне Приполярного Урала (Ханты-Мансийский АО), в Байкальской Сибири (Предбайкалье, Горное Прибайкалье и Забайкалье), а также лихеноиндикационные работы в урбанистических районах юга Западной Сибири. В Западной Сибири выявлено 1903 вида лишайников, в Алтае-Саянской горной области зарегистрировано более 1660 видов, в горном Прибайкалье и Забайкалье обнаружено более 1000 видов.
Изучены таксономический состав, численность и биомасса водорослей крупных водохранилищ Сибири (Новосибирское, Красноярское, Саяно-Шушенское), крупных и малых рек (Обь, Иртыш, Енисей, Пясина, Карасук, Каргат, Чулым и их притоки), крупных озер (Чаны, Убинское, Сартлан, Таймыр), ряда болот, рыбоводных прудов, а также малых водоемов тайги, лесотундры и тундры. Изучена флора эвгленовых водорослей Западной Сибири, а также аэрофильные эпилитные цианофиты Прибайкалья.
К настоящему времени, в альгофлоре Западной Сибири в целом отмечено более 3000 таксонов водорослей.
С 2007 г. проводятся исследования по изучению биоразнообразия миксомицетов Сибири и прилегающих территорий. В настоящий момент для юга Западной Сибири, включая Горный Алтай, выявлено 250 видов миксомицетов, что составляет 50% от известных для территории России.
Сотрудниками лаборатории микологии, альгологии и лихенологии в различные годы описаны новые для науки таксоны криптогамных организмов: